从2004年开始，公雅寺佛学院招收小喇嘛，寺庙统一负责佛学院小喇嘛们的生活和学习、提供住宿、饮食。通过大约一至两年的基础藏文和佛法教育，经过考试合格的小喇嘛就会进入九年制的佛学院学习。佛学院现大约有180位在读学员。佛学院毕业后，喇嘛们可直接进入公雅寺的闭关中心进行三年三个月的闭关修持。这样严谨有序的培养，为佛法的传承提供了优秀的僧才。
佛学院的学员大多来自囊谦周边农村和偏远山区，他们的家庭生活大多困难，为了让学员们专心学习，慈悲的巴金仁波切在经济极其困难的情况下，每月资助学员们的生活费。学员们的生活艰苦，仁波切很希望能提高他们的生活费，为学员们每日繁重的学习提供最基本的生活保障。